Associações de ficheiros
No Windows, o instalador pode registar o Markzen como um manipulador para os tipos de ficheiro de marcação que lê — Markdown, AsciiDoc, reStructuredText, Org, Textile e Djot. Uma vez registado, clicar duas vezes num desses ficheiros no Explorador abre-o diretamente no Markzen, e se vários editores estiverem instalados, pode ainda escolher o Markzen através de "Abrir com…".